O Conselho Geral do FSCR PME-IAPMEI é constituído três membros. O Presidente do Conselho Geral é designado pelo Ministro da Economia, um dos Vogais é designado pelo Ministro das Finanças e o outro Vogal é designado pela Entidade Gestora.

Compete ao Conselho Geral a realização de todas as atividades necessárias à operacionalização do FSCR, nomeadamente:

• Aprovar, sob proposta da entidade gestora, os planos financeiros, orçamentos anuais, contas e relatórios de execução;
• Deliberar sobre propostas de regulamentos relativos à configuração de instrumentos e à atividade do FSCR;
• Aprovar operações em que a entidade gestora intervenha como beneficiária.